Die Bartfledermaus ist überall in Thüringen anzutreffen. Gerade in Südthüringen lassen sich besonders hohe Nachweisdichten beobachten. Seit dem Tiefpunkt in den 1980er Jahren hat sich die Populationsgröße der Bartfledermaus bis 2000 erholt, seitdem lässt sich jedoch eine leichte Abnahme beobachten.

Ihre Sommerquartiere sucht die Bartfledermaus bevorzugt in Spaltenquartieren in Siedlungen und Wäldern auf. An Gebäuden sucht sich der Spaltenbewohner Schlafplätze hinter Fensterläden, Wandverkleidungen oder in Fugenrissen. In den Wäldern werden Spalträume hinter abstehender Rinde oder in Jagdkanzeln aufgesucht. Die Wochenstuben in Thüringen umfassen durchschnittlich  23 Tiere. Das Quartier, in dem sich die Wochenstube befindet, wird ca. alle 2 Wochen gewechselt.

Die Bartfledermaus ist in zahlreichen Jagdrevieren anzutreffen. In Siedlungsgebieten jagt sie oft in Parkanlagen oder Gartenanlagen. Außerhalb von Siedlungen jagt sie oft über Wiesen und Streuobstwiesen. In Wäldern mit älteren Bäumen geht sie ebenfalls gerne auf die Jagd. Gerne sucht sie geeignete Grünstrukturen an Fließgewässern auf.

Ihren Winterschlaf hält die Bartfledermaus in Höhlen, Bergwerken oder Kellern meist freihängend ab. Selten werden Felsspalten als Winterquartier gewählt.

Aufgrund der Vergesellschaftung mit anderen Fledermausarten, wie der Brandtfledermaus, gestaltet sich die Abschätzung der Bestandsgröße der Bartfledermaus als schwierig. Die Populationen sind besonders durch die Beseitigung von Spaltquartieren an Fassaden bei Sanierungsarbeiten gefährdet. In Wäldern und in Gewässernähe stellt die Beseitigung von potenziellen Quartierbäumen eine große Bedrohung dar, da so der Art weniger Quartiere zur Verfügung stehen. Winterquartiere werden besonders durch den Verschluss von alten Felsenkellern und ehemaligen Stollenanlagen bedroht.