Bei der Mückenfledermaus sind ihre kurze, helle Schnauze, die stark gewölbte Stirn und die kurzen hellen Ohren auffällig. Ihr Fell sowie die Hautpartien sind hellbraun, der untere Rand ihrer Flügel oft hell bis weißlich gesäumt. Sie ist leicht mit der Zwergfledermaus zu verwechseln, die aber dunkler gefärbt ist.
Erstmals gelang 2001 bei Leinefelde ein sicherer akustischer Nachweis einer Mückenfledermaus in Thüringen. Zwei gefundene Wochenstuben der Art befanden sich in Gera und beherbergten über 1000 Tiere. Weiter ist sie im Mittelmeerraum bis ins westliche Kleinasien verbreitet.
Im Sommer besiedeln die Tiere Baumhöhlen, Zwischendächer und Hohlwände. Nehmen aber besonders zur Paarungszeit auch Fledermauskästen an. Sie bevorzugen Quartiere an laubholzbestandene Fließgewässer in und um Städte.
Die Jagdgebiete der Mückenfledermaus konzentrieren sich auf Auenwälder und Gewässer. Vermieden werden Grünland und landwirtschaftliche Flächen. Zuckmücken, Gnitzen und Eintagsfliegen gehören zu ihrer häufigsten Nahrung.
Mückenfledermäuse bevorzugen eher kurze Distanzen zwischen Sommer- und Winterquartier. Sie sind bei milderen Temperaturen aktiv und scheinen oberirdisch zu überwintern. Nachweise gibt es in Baumhöhlen, Gebäuden und Fledermauskästen.
Im Vergleich zu anderen, gut akustisch nachweisbaren Arten, wie z.B. der Zwergfledermaus (70,6%) scheint die Mückenfledermaus deutlich weniger weit in Thüringen verbreitet zu sein. Es liegen nicht genug Daten für eine Größeneinschätzung der Population vor. Windkraftanlagen gefährden die Tiere und eine nicht artgerechte Forstwirtschaft limitiert die Anzahl möglicher Quartiere.
Um Quartiere und Jagdgebiete zu erhalten, bedarf es einer naturnahen Waldwirtschaft mit ausreichend Totholzanteil und den Erhalt natürlicher Flussläufe.